Muchas veces supongo se han encontrado con algunas dificultades a la hora de instalar aplicaciones Genexus en Java Tomcat ..bueno ahora es mucho más fácil gracias a cPanel y tu excelente integración con Apache Tomcat. Actualmente los planes de HostingMontevideo.com te permiten ejecutar tu aplicación simplemente subiendo un WAR que luego de desplegarse dejará activo y funcional tu sistema.
Lo más práctico es que no habrá necesidad se reinciar Tomcat si en algún momento hay que cambiar una classe o archivo "x" por que con un reload automático tomará el cambio.
Hoy en día trabajar con Tomcat , Jars , Jsp ya no es un problema ahora hay soluciones potentes y rápidas a tu alcance ..